Năm 2015, ông Bùi Công Khanh được UBND tỉnh giao giữ chức vụ Phó Chánh văn phòng chuyên trách Văn phòng Điều phối nông thôn mới tỉnh Lào Cai với nhiệm vụ tham mưu chính cho Ban Chỉ đạo tỉnh, UBND tỉnh về xây dựng kế hoạch giai đoạn, hàng năm về mục tiêu, nhiệm vụ, các giải pháp và nhu cầu kinh phí thực hiện Chương trình xây dựng nông thôn mới đồng thời phối hợp với các Sở, ban, ngành liên quan tiến hành đôn đốc, kiểm tra, rà soát và đánh giá việc tổ chức thực hiện Chương trình xây dựng nông thôn mới đối với các đơn vị, địa phương trên địa bàn tỉnh.
Trước trọng trách lớn được UBND tỉnh giao phó, ông đã trăn trở làm sao để phong trào xây dựng nông thôn mới được triển khai mạnh mẽ, làm sao để thu nhập tăng lên, nhân dân được ấm no, hạnh phúc. Ông thường xuyên đi cơ sở, nắm bắt những khó khăn, vướng mắc, những điểm chưa phù hợp trong quá trình xây dựng nông thôn mới, từ đó tham mưu cho UBND tỉnh những cơ chế, chính sách phù hợp hơn. Trong thời gian công tác ông đã có nhiều sáng kiến trong quá trình chỉ đạo, triển khai, thực hiện như tham mưu cho UBND tỉnh kế hoạch thực hiện xây dựng NTM chi tiết từng năm, trong đó phân công cụ thể các nội dung công việc cho các sở, ban, ngành, các huyện, thị xã, thành phố và các xã; đồng thời chỉ đạo cơ quan thường trực, các đơn vị phụ trách các tiêu chí của tỉnh thường xuyên kiểm tra, đôn đốc để đảm bảo hoàn thành kế hoạch đề ra. Tham mưu cho tỉnh lựa chọn 5 nhiệm vụ trọng tâm để tỉnh Lào Cai phát động phong trào thi đua; tham mưu cho UBND tỉnh quyết định phân công, đánh giá lãnh đạo các sở, ban, ngành, các đơn vị, doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh giúp đỡ các xã xây dựng nông thôn mới từ đó huy động được sự tham gia, vào cuộc của cả hệ thống chính trị, huy động được nguồn lực xã hội hóa trong xây dựng nông thôn mới. Đồng thời, phối hợp với các sở, ban, ngành liên quan tăng cường công tác chỉ đạo, đôn đốc, kiểm tra và đánh giá việc tổ chức thực hiện. Nhiều năm liền, ông được đánh giá Hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, là đảng viên hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ, lãnh đạo đơn vị hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ. Để ghi nhận những cống hiến của ông trong phong trào xây dựng nông thôn mới, UBND tỉnh Lào Cai đã trình Chủ tịch nước trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba.
Trực tiếp tham gia đổ đường bê tông xi măng cùng nhân dân xã Bản Phố huyện Bắc Hà
Nhờ những cách làm hay, cơ chế, chính sách phù hợp, đến nay, Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới đã làm thay đổi diện mạo khu vực nông thôn rõ nét, đời sống nhân dân khu vực nông thôn được nâng lên, văn hóa được duy trì và gìn giữ; an ninh trật tự khu vực nông thôn được đảm bảo. Số xã đạt chuẩn nông thôn mới là 48/143 xã (đạt 96% kế hoạch Đại hội Đảng bộ tỉnh), tăng 48 xã so với năm 2010; tăng 28 xã so với năm 2015. Dự kiến đến hết năm 2019 số xã đạt chuẩn nông thôn mới là 51 xã, vượt 20% so với mục tiêu trung ương giao (trung ương giao đến hết năm 2020 có 28% số xã đạt chuẩn nông thôn mới, tương ứng là 41 xã). Bình quân tiêu chí/xã đạt 13,5 tiêu chí/xã, tăng 10,2 tiêu chí so với năm 2010; dự kiến đến hết năm 2019 đạt 14 tiêu chí/xã (tăng 11,7 tiêu chí so với năm 2010). Đến hết năm 2018, toàn tỉnh Lào Cai không còn xã dưới 05 tiêu chí, tăng 96 xã so với năm 2010. Thu nhập bình quân đầu người khu vực nông thôn: đến hết năm 2018 đạt 23,46 triệu đồng/người/năm, tăng 16,02 triệu đồng so với năm 2010. Dự kiến đến hết năm 2019, đạt 25,5 triệu đồng/người/năm. Tại hội nghị tổng kết 10 năm thực hiện chương trình xây dựng NTM của cả nước tổ chức tại Nam Định vào ngày 18/10/2019 Lào Cai một lần nữa vinh dự là một trong 8 tỉnh tiêu biểu của cả nước được Chủ tịch nước tặng Huân chương Lao động hạng Nhất.